Однако император Александр I (1801 — 1825) приказал «строение сохранить и насколько возможно сохранить его от дальнейшего разрушения». Смотритель КД. Брыкин сделал описание разрушений дворца, архитектор Кузьмин составил смету, но ремонту помешала Отечественная война 1812 года. Во время войны в Коломенском останавливались войска маршала Мюрата и основательно попортили и без того ветхий дворец. Большой интерес представляют воспоминания современников о пребывании французов в Коломенском. Ненависть к завоевателям заставляла крестьян убивать французов десятками и хоронить их в садах, окружающих усадьбу. Впоследствии трупы их были отысканы и похоронены в другом месте. Разрушению усадьбы также способствовало Владимирское ополчение, которое после войны долго стояло в Коломенском. В 1813 году управитель К.Д Брыкин сообщал,«что перед приходом неприятеля он спрятал все письменные документы и описи в кладовке, где хранились и прочие вещи, наличность казённая и денежная сумма, но ничего не нашел, ибо как наличность казённая, так и бумаги с деньгами, положенные в сундук за моей печатью, — всё похищено». Так погиб древний архив Коломенского. В 1814 году началась разборка полуразрушенного французами Екатерининского дворца. В это же время разбирают кормовой двор, пивоваренную палату у сытного двора, кухню и некоторые палаты Коломенского приказа. В 2001 году археологи во время раскопок Кормового двора обнаружили фрагмент скульптуры (торс) Минервы, украшавшей фасад Екатерининского дворца. Скульптура была обезображена французскими солдатами и зарыта в ямах фряжского погреба кормового двора. К 1825 году архитектор Е.Д. Тюрин создал проект нового дворца для императора Александра I. Здание проектировалось в стиле ампир, завершающего период классицизма, со сложившимися композиционными приёмами античной архитектуры. Дворец был небольшим и отлично смотрелся со стороны Москвы-реки. Е.Д. Тюрин спроектировал совершенно новый дворец, не связанный по своей архитектуре с Екатерининским, но использовал его фундамент и строительный материал.В конце 1990х гг.архитектор С.А.Гаврилов при наложении планов Макуловского(Екатерининского)дворца с Тюринским,обнаружил что новый дворец на 70% состоял из старого.
Рядом с дворцом поставили павильон, который, скорее всего, был предназначен для размещения усадебного театра. Позже в помещении располагался лазарет Московского кадетского корпуса. В это время посажены две липовые аллеи от Спасских ворот и до Вознесенской площади и от дворца в сторону села Коломенское, разбит «английский парк» и ближе к церкви Вознесения по «овальному газону» посажены пихты и ели, изменившие облик усадьбы.
Рядом с дворцом поставили павильон, который, скорее всего, был предназначен для размещения усадебного театра. Позже в помещении располагался лазарет Московского кадетского корпуса. В это время посажены две липовые аллеи от Спасских ворот и до Вознесенской площади и от дворца в сторону села Коломенское, разбит «английский парк» и ближе к церкви Вознесения по «овальному газону» посажены пихты и ели, изменившие облик усадьбы.