Вероятно, дворцовые помещения были достаточно удобны и рассчитаны на длительное проживание. В писцовых книгах XVI столетия содержится подробное описание дворцового комплекса, характерного для этой эпохи. Дворец состоял из хором царя, царицы и множества помещений хозяйственного назначения, соединённых крытыми переходами, в том числе и церковью, как это имело место в Коломенском. Во время страшного пожара Москвы 1560 года, когда почти полностью выгорел город, царь Иван именно Коломенское избрал для убежища царицы Анастасии: «А царица и великая княгиня Анастасия в то время бысть болна, и царь и великий князь великую княгиню отпровадил во своё село Коломенское с великою нужею, занеже болезнь её бысть велика зело».Обширность дворца отчасти подтверждается теми же миниатюрами лицевого свода. Даже при условном изобразительном характере миниатюр можно видеть несколько зданий различного назначения, причём здания были значительные по своим размерам, так как на великокняжеском пиру присутствовали десятки, если не сотни людей. Большой интерес представляет миниатюра стана Едигея в 1408 году, события, отстоявшего от времени создания лицевого свода почти на 150 лет. Художник XVI века изобразил дворец таким, каким он видел его сам. На миниатюре изображён великокняжеский двор, обнесённый высокими стенами с башнями. Вероятно, именно таким он и был в середине и во второй половине XVI столетия. Сейчас уже невозможно точно сказать, имели ли стены и башни Коломенского оборонительное назначение. Коломенское чаще всего служило перевалочным пунктом для русских войск во время походов. Основное назначение усадьбы — летняя резиденция для отдыха, причём, хорошо укреплённая. По словам немца-опричника Генриха Штадена, служившего Ивану Грозному, для того, чтобы взять увеселительный дворец великого князя, потребовалось бы не менее 1500 человек. С мая по сентябрь царь отдыхал в Коломенской усадьбе, руководя политической и хозяйственной деятельностью огромного русского государства. Исключение составляет зима 1564 года, явившаяся началом опричнины: «Тоя же зимы, декабря в 3 день в неделю, царь и великий князь Иван Васильевич всеа Руссии с своею царицею и великой княгинею Марьею и своими детьми... поехал с Москвы в село Коломенское. Подъём же его не тако был, яко же преже того езживал по монастырем молитися, или на которые свои потехи и объезды ездил... и платье и деньги и всю свою казну повелел взяти с собою. Которым же боярам и дворяном ближним и приказным людем повеле с собою ехати, и дворянам и детем боярским...